После распада СССР в независимой Республике Беларусь в первой половине 1990-х годов наблюдался социально-экономический кризис, происходило реформирование централизованной плановой экономики в рыночную. Со второй половины 1990-х годов началось преодоление кризиса и построение социально ориентированной рыночной экономики.

20 марта 1996 года создана первая в республике свободная экономическая зона (СЭЗ) «Брест». По состоянию на 31 декабря 2018 года в ней было зарегистрировано 75 резидентов, на предприятиях работало 22 тысяч человек.

Успешно развиваются ведущие промышленные предприятия: ОАО «Савушкин продукт», СП «Санта Бремор», Брестский мясокомбинат, СП ОАО «Брестгазоаппарат», Брестский чулочный комбинат, Брестский ликеро-водочный завод «Белалко», ОАО «Брестский электротехнический завод» и другие.

В 1995 году Брестский педагогический институт им. А.С. Пушкина преобразован в Брестский государственный университет им. А.С. Пушкина, в 2000 году Брестский политехнический институт преобразован в Брестский технический университет.

Динамично развивается среднее и среднее специальное образование, открыт ряд новых заведений (лицей № 1 им. А.С.  Пушкина, 6 гимназий). В 2003 году для одаренных учащихся создан Брестский государственный областной общеобразовательный лицей (с 2005 года – имени П.М. Машерова).

В Бресте построены крупные современные спортивные объекты: областные центры олимпийского резерва по гребле (гребной канал), по игровым видам спорта «Виктория», по водным видам спорта, ледовый дворец, легкоатлетический манеж и др.

По состоянию на 01 января 2018 года численность населения города составляла 347 576 чел. (из них в Ленинском районе – 108 706, в Московском – 238 870).

Во второй половине 1990-х годов осуществлялось жилищное строительство в микрорайонах Вулька-2, Восток-6 и др. В XXI веке продолжается многоэтажная застройка Бреста, проводится реконструкция и благоустройство улиц города. В 2000-е годы вступили в строй целый ряд учреждений здравоохранения, в том числе Центральная городская больница и поликлиника № 6 на ул. Лактионова.

Брест является центром культурной жизни. Стали известными далеко за пределами Беларуси проводимые в Бресте международные фестивали: международный фестиваль классической музыки «Январские музыкальные вечера» (с 1988 г.), международный фестиваль театрального искусства «Белая вежа» (с 1996 г.) и др. В 2005 году театру присвоено почетное звание – заслуженный коллектив Республики Беларусь, а в 2009 году присвоен статус «академический».

Решением Брестского городского Совета народных депутатов от 26 декабря 1991 года утвержден герб города. Герб зарегистрирован в Гербовом матрикуле Республики Беларусь 1 июня 1994 года под № 1.