29 марта 1991 г. Совет Министров КАССР принял постановление о целесообразности создания национального парка «Паанаярви»

Решение о необходимости создания новой особоохраняемой территории принималось с учетом экологической ценности района озера Пааярви и перспективы использования этой территории в рекреационных, просветительных и научных целях. Под парк были отведены 103 тысячи гектаров в границах Пяозерского лесничества одноименного комплексного леспромхоза.

Вопросами проектирования, организации и содержания будущего парка занимались такие учреждения, как: Госкомитет КАССР по охране природы, Карельский научный центр Академии наук СССР, институт «Карелгражданпроект», исполком Лоухского районного Совета народных депутатов.

В состав парка «Паанаярви» Лоухского района были включены запретные водоохранные полосы озера Пяозеро — 380 гектаров, полосы, защищающие нерестилища ценных промысловых рыб, — 15984 гектаров, часть сырьевой базы леспромхоза — 79985 гектаров, спецполоса — 6964 гектаров.

В районе расположения парка находятся 15 крупных геологических объектов и 54 отдельных памятника, представляющих большую научную ценность. Также на территории парка имеется несколько гор, входящих в десятку самых высоких в Карелии: гора Лунас — 495 м, гора Кивакка — 499 м, гора Мянтютунтури — 550 м.

20 мая 1992 г. было издано постановление Правительства РФ о создании национального парка «Паанаярви», которому предшествовала работа по согласованию предложений Совета Министров Республики Карелия об организации парка с Министерством экологии и природных ресурсов Российской Федерации.